Sådan fungerer Shadow Pokémon-systemet i Xenogears:
1. Besvime en Shadow Pokémon: Du kan besvime Shadow Pokémon i kampe, ligesom enhver anden fjende. Dette "fanger" dem faktisk ikke.
2. Den sande betydning af "Capture": Handlingen med at "fange" en Shadow Pokémon i Xenogears betyder at besejre dem i kamp og derefter absorbere deres energi og minder i dine egne karakterer . Dette gøres ved at bruge "Capture"-evnen , som er tilgængelig for visse karakterer.
3. "Capture"-evnen: "Capture"-evnen er ikke noget, du lærer eller køber; det er en del af karakterens iboende evner. Når en karakter kan bruge "Capture"-evnen, vil du være i stand til at se en speciel kommando under kamp efter at have besejret en Shadow Pokémon. Brug af denne kommando vil give dig mulighed for at absorbere deres energi og minder.
Du kan derfor ikke "fange" en besvimet Shadow Pokémon igen. Når du har besejret en Shadow Pokémon, absorberer du dem enten (gennem Capture), eller de er væk for altid.
Spildesignerne valgte sandsynligvis dette system for at understrege temaerne tab, opofrelse og kampen mod mørket, som er centrale i Xenogears' fortælling.