* Du mister en garanteret fangst. Master Ball er den eneste Poké Ball i spillet, der har en 100% fangstrate, hvilket betyder, at du er garanteret at fange enhver Pokémon, uanset hvor sjælden eller kraftfuld den er. Dette kan især være frustrerende, hvis du går glip af en chance for at fange en legendarisk Pokémon eller en sjælden Shiny.
* Du kan ikke få endnu en Master Ball. Du modtager kun én Master Ball i spillet, så når du først har brugt den, er det det.
* Du bliver sandsynligvis nødt til at stole på andre fangstmetoder. Du bliver nødt til at bruge andre Poké-bolde sammen med strategier som at svække Pokémonen eller bruge statuseffekter som Sleep eller Paralyze for at øge dine chancer for at fange den. Dette kan være mere udfordrende og tidskrævende.
Det er dog vigtigt at bemærke, at:
* Du kan stadig fuldføre spillet. Du behøver ikke Master Ball for at slå spillet eller fange alle Pokémonerne. Du kan stadig fange enhver Pokémon med nok tålmodighed og strategi.
* Du kan altid prøve igen. Hvis du spiller et nyt spil, kan du vælge at gemme Master Ball til et senere, mere strategisk øjeblik.
I sidste ende, om det er en stor sag at spilde en Master Ball afhænger af din personlige spillestil, og hvor meget du værdsætter at fange specifikke Pokémon. Selvom det bestemt er en værdifuld ressource, er det ikke afgørende for at nyde spillet.