1. Dialga frigiver de Time Gears, han havde absorberet, og genopretter tidens flow til det normale.
2. Spilleren og deres partner vender tilbage til Treasure Town.
3. Dialga vil dukke op og forklare spilleren og deres partner, at hans handlinger var nødvendige for at forhindre en større katastrofe. Han afslører, at en kraft kendt som "Dark Matter" har manipuleret tiden og forårsaget forskellige forvrængninger og fejl i verden.
4. Dialga beskylder spilleren og deres partner med opgaven at stoppe Dark Matter.
5. Efter denne samtale fortsætter historien med spilleren og deres partner, der udforsker fangehuller, kæmper mod Pokemon og rekrutterer nye teammedlemmer, mens de arbejder på at afdække sandheden bag Dark Matter og sætte en stopper for dets uhyggelige planer.