- Reshiram eller Zekrom:Spillets sidste bosser, disse legendariske Pokémon har meget lave fangstrater og kan være svære at besejre uden brug af stærke Pokémons eller strategier.
- Kyurem:Kyurem er en anden legendarisk Pokémon, der kan være svær at fange, især hvis den ikke er svækket eller frosset, før den bliver fanget.
- Skinnende Pokémon:Skinnende Pokémon har en meget lav stødfrekvens, og hvis du er så heldig at finde en, vil du måske bruge Master Ball til at sikre, at du fanger den.
- Event Pokémon:Event Pokémon er Pokémon, der kan fås gennem særlige begivenheder eller distributioner. De er ofte svære at skaffe, og du har måske ikke en chance for at fange dem igen, hvis du går glip af begivenheden, så det kan være værd at bruge Master Ball til at sikre din fangst.
Husk, at du kun kan få én Master Ball pr. spil, så du bør bruge den forsigtigt og kun, når du virkelig har brug for den.