Der er også begrænsninger på antallet af bestemte kort, du kan have i dit sæt:
* Main Deck: Du kan kun have 3 kopier af et bestemt kort i dit hoveddæk, bortset fra grundlæggende monstre, som ikke har nogen grænse (som "Elemental HERO Shadow Mist").
* Ekstra dæk: Antallet af ekstra kort, du kan have, varierer afhængigt af formatet. For eksempel, i formatet "Master Duel" kan du have 15 kort i dit ekstra kortspil, mens "TCG"-formatet tillader 15 kort i det ekstra dæk.
Husk, at du ikke kan have mere end én kopi af et kort i Ekstra Deck.