* Udskrift: Nogle kort blev trykt i ekstremt begrænsede mængder, f.eks. salgsfremmende kort eller dem, der blev uddelt ved specifikke begivenheder.
* Tilstand: Et korts tilstand påvirker i høj grad dets sjældenhed. Et uberørt kort i perfekt stand vil være meget sjældnere end et stærkt spillet eller beskadiget.
* Udgave: Forskellige tryk af det samme kort kan have forskellige sjældenheder, hvor tidlige udgaver ofte er mere eftertragtede.
* Efterspørgsel: Et korts popularitet og samlerinteresse kan også påvirke dets opfattede sjældenhed.
Her er dog nogle kort, der ofte anses for at være blandt de sjældneste:
* "The Legendary Exodia"-sæt: Dette sæt med fem kort er notorisk sjældent, især "Exodia the Forbidden One"-kortet, da det kun var tilgængeligt i sættet "Legend of Blue-Eyes White Dragon".
* "Super Secret Rare" (SSR)-kort: Disse kort blev oprindeligt trykt i begrænsede mængder og er meget eftertragtede, især fra de ældre sæt.
* "Gold Secret Rare" (GSR)-kort: Disse kort blev introduceret i sættet "Magician's Force" og er ekstremt sjældne på grund af deres begrænsede oplag.
* "Ghost Rare"-kort: Disse kort blev oprindeligt introduceret i sættet "Duelist of the Roses" og har en unik holografisk effekt. De er meget samlerobjekter og sjældne.
* "Limited Edition" (LE)-kort: Disse kort blev trykt i begrænsede mængder og uddeles ofte ved særlige begivenheder eller turneringer.
I sidste ende er det sjældneste Yugioh-kort det, der er sværest at finde i god stand og er meget eftertragtet af samlere.