I denne serie bliver hovedpersonen, Mikey Kudo, og hans venner transporteret til den digitale verden og bliver knyttet til Digimon-partnere. Men i stedet for at blive transformeret direkte, bliver de "fusioneret" med deres Digimon, hvilket resulterer i en menneske-Digimon hybrid form kaldet "Fusion Fighters". Dette giver dem mulighed for at bruge Digimons evner og kæmpe sammen med dem.
Serien udforsker temaerne venskab, teamwork og overvindelse af udfordringer, mens du navigerer i farerne ved den digitale verden.