Aliens i uafhængighedsdagen dræbes af en computervirus, der uploades til deres moderskib af kaptajn Steven Hiller og David Levinson.
Virussen, skabt af Levinson, forstyrrer den fremmede teknologi og får deres våben til at fungere og i sidste ende fører til ødelæggelse af moderskibet og størstedelen af deres flåde.