Virkelighed vs. illusion: Det centrale tema er virkelighedens natur, og om vores opfattelse af det er nøjagtig. Matrixen præsenterer en verden, hvor mennesker ubevidst er fanget i en simuleret virkelighed, der kontrolleres af maskiner, der sætter spørgsmålstegn ved grænserne mellem hvad der er reelt og hvad der er simuleret.
Gratis vilje og valg: Filmen udforsker ideen om fri vilje, og hvor let den kan manipuleres. Karaktererne kæmper med konsekvenserne af deres valg og potentialet for både personlig befrielse og samfundsmæssige ændringer.
Den menneskelige tilstand: Matrixen undersøger den menneskelige natur og kampene for overlevelse, identitet og formål. Det udforsker temaer om isolering, fremmedgørelse og søgen efter mening i en tilsyneladende meningsløs verden.
Teknologi og kontrol: Filmen rejser bekymring for de potentielle farer ved avanceret teknologi og dens evne til at kontrollere og manipulere menneskeheden. Det advarer mod potentialet for maskiner til at blive mere magtfulde end mennesker og dominere samfundet.
Sandhedens art: Filmen udfordrer seerne til at stille spørgsmålstegn ved, hvad de mener er sandt og overvejer muligheden for alternative realiteter. Karaktererne er tvunget til at konfrontere deres egne partier og antagelser og i sidste ende opdage vigtigheden af at søge sandheden.
troens magt: Matrixen understreger betydningen af individuel tro og den indflydelse, de har på vores opfattelse af virkeligheden. Filmen antyder, at troens magt kan bruges til at overvinde hindringer og nå tilsyneladende umulige mål.
I sidste ende er Matrix en film, der inviterer seerne til at tænke kritisk over verden omkring dem og stille spørgsmålstegn ved arten af deres egen virkelighed.