Med hjælp fra sin kæreste Karen (Lily Collins) flygter Nathan fra anlægget og går på flugt. De skal unddrage sig tilfangetagelse, mens de forsøger at afsløre den større sammensværgelse bag disse eksperimenter. Nathans telekinetiske kræfter bliver stadig stærkere, og han begynder at bruge dem til at kæmpe tilbage mod de regeringsagenter, der forfølger ham.
I en klimatisk kamp konfronterer Nathan lederen af den hemmelige organisation og afslører sandheden om deres aktiviteter for offentligheden. Filmen ender med, at Nathan og Karen flygter og bliver genforenet med Karens mor. Afsløringen af regeringens eksperimenter fører til et offentligt ramaskrig og opløsning af den hemmelige organisation.
Slutningen åbner muligheden for fremtidige eventyr for Nathan, mens han fortsætter med at udvikle sine kræfter og lære mere om hans sande oprindelse.