Plottet for Monsters University er som følger:
James P. "Sully" Sullivan og hans bedste ven, Michael "Mike" Wazowski, bliver optaget på Monsters University. De ønsker begge at slutte sig til Roar Omega Roar (ROR), det øverste skræmmende broderskab, men de bliver afvist, fordi de ikke er skræmmende nok. De slutter sig til Oozma Kappa (OK), et broderskab, der består af utilpas og udstødte. Sully og Mike bliver nære venner og lærer at arbejde sammen. De lærer også, at skræmme ikke er det vigtigste i livet; venskab og teamwork er vigtigere.