Fjernsyn:
* Mænd der opfører sig dårligt (1992-1998): Denne sitcom lancerede Clunes til mainstream-succes, hvor han spillede den charmerende ulykkelige Gary.
* Doc Martin (2004-nu): Clunes' måske mest ikoniske rolle, hvor han spiller den barske, men elskelige læge i den corniske by Portwenn.
* Reggie Perrin (2007-2009): En genindspilning af den klassiske britiske sitcom "The Rise and Fall of Reggie Perrin".
* The Great Escape (2003): En todelt miniserie, hvor Clunes portrætterede Roger Bushell.
* Jonathan Creek (2000-2016): Optrådte i flere afsnit af denne mystiske serie som titelkarakterens bedste ven, Maddys mand.
* Kommandanten (1998-2000): Spillede hovedrollen som kommandør Jack Harper, en Royal Naval officer.
* William og Mary (2003-2010): Optrådte som en tilbagevendende karakter, titulærkarakterens svoger.
* The Palace (2008): Spillede rollen som et kongelig familiemedlem i denne satiriske komedieserie.
* Manhunt (2019): Portrætteret DCI Colin Sutton i denne ægte krimi-serie om tilfangetagelsen af Levi Bellfield.
* Dronningens næse (2001): Udtalte karakteren af den talende hund, "Queen's Nose", i denne børneserie.
Film:
* Heartbeat (1992): Clunes medvirkede i filmversionen af den populære ITV-serie.
* Søerne (2000): En romantisk thriller, hvor Clunes spiller en mand, der er besat af en kvinde.
* The Time Machine (2002): Spillede rollen som Alexander Hartdegen, en videnskabsmand, der rejser til fremtiden.
* Den sidste detektiv (2003): En detektiv-thriller baseret på en række romaner af forfatteren Michael Connelly.
* Tre og ud (2011): En mørk komediefilm, hvor Clunes spiller en aldrende fodboldspiller.
* The Legend of Barney Thomson (2015): En sort komedie, hvor Clunes spiller en barber, der ved et uheld bliver en seriemorder.
* SuperBob (2015): Spillede en mild mand, der er tvunget til at blive en superhelt.
Dette er ikke en udtømmende liste, men den inkluderer nogle af hans mest bemærkelsesværdige og kendte projekter.