Videnskabelig udmærkelse:
* Copley-medalje (1874) :Tildelt af Royal Society of London, en af de mest prestigefyldte videnskabelige priser i verden, for sit arbejde med fermentering og kimteorien om sygdom.
* Rumford-medalje (1874) :Tildelt af Royal Society of London for sin forskning i polarisering af lys og dets anvendelser.
* Albert Medalje (1881) :Tildelt af Royal Society of Arts for hans bidrag til folkesundhed og sygdomsforebyggelse.
* Ridder af Æreslegionen (1853) :En prestigefyldt fransk hæder, der tildeles personer, der har ydet betydelige bidrag til nationen.
* Æreslegionens Storkors (1881) :Den højeste rang af Æreslegionen, der anerkender Pasteurs enestående præstationer.
* Medlem af det franske videnskabsakademi (1862) :En af de højeste videnskabelige udmærkelser i Frankrig.
* Udenlandsk medlem af Royal Society (1869) :En ære for at anerkende hans bidrag til videnskab uden for Storbritannien.
Andre priser:
* Det franske videnskabsakademis pris (1856) :Belønnet for sit arbejde med gæring.
* Pris fra Videnskabernes Akademi i Paris (1862) :Tildelt for sit arbejde med kimteorien om sygdom.
Ud over disse specifikke priser modtog Pasteur også adskillige andre udmærkelser og anerkendelser gennem sin karriere, hvilket cementerede hans arv som en af de mest indflydelsesrige videnskabsmænd i det 19. århundrede.