1. Ridder kommandør af Italiens kroneorden :I 1889 hædrede kong Umberto I af Italien Flagler med titlen som ridderkommandør af Italiens kroneorden. Denne prestigefyldte pris blev tildelt ham som en anerkendelse af hans bidrag til udviklingen af turismen i Florida.
2. Æreslegionen :I 1904 blev Flagler tildelt Æreslegionen, som er den højeste udsmykning, der er skænket af Frankrigs regering. Denne ære blev givet til Flagler for hans præstationer i hotelbranchen og hans bidrag til udviklingen af den franske riviera.
3. Roosevelt-medaljen :I 1915 modtog Flagler Roosevelt-medaljen fra National Civic Federation, en prestigefyldt organisation dedikeret til at fremme sociale og økonomiske reformer. Medaljen blev tildelt som en anerkendelse af Flaglers vision, lederskab og filantropi.
4. Æresgrader Flagler blev også anerkendt af flere uddannelsesinstitutioner for sine præstationer. Han modtog æresgrader fra blandt andet Stetson University, Rollins College og University of Florida. Disse grader anerkendte hans bidrag til uddannelse og hans engagement i at fremme viden.
5. Borger- og samfundsæresbevisninger :Ud over disse formelle priser blev Flagler også hædret af forskellige borgerlige og samfundsorganisationer gennem hele sit liv. Han modtog adskillige plaketter, certifikater og resolutioner, der anerkendte hans bidrag til vækst og udvikling af forskellige regioner i Florida.
Disse priser og æresbevisninger afspejler den høje agtelse, som Flagler blev afholdt i sin levetid. Han blev bredt anerkendt for sin visionære ånd, hans dedikation til at opbygge Floridas turistindustri og hans filantropiske bestræbelser, der efterlod en varig indvirkning på staten.