Til at begynde med var Henry en troende katolik og modtog endda titlen "Troens forsvarer" af pave Leo X for sine skrifter mod den protestantiske reformation. Han var en ihærdig forsvarer af traditionelle katolske doktriner og praksis og var personligt modstander af kættersk lære. Hans ønske om at annullere sit ægteskab med Katarina af Aragon og gifte sig med Anne Boleyn førte imidlertid til en konflikt med paven, som nægtede at give annullationen.
Ude af stand til at opnå den ønskede annullation fra Rom, tog Henry sagen i egen hånd. I 1534 vedtog han loven om overhøjhed, som erklærede ham for at være den øverste leder af den engelske kirke og gav ham autoritet til at reformere den engelske kirke. Dette markerede det officielle brud med den romersk-katolske kirke, og England blev en protestantisk nation.
Kong Henry spillede en aktiv rolle i udformningen af Church of Englands doktrin og liturgi. Han godkendte offentliggørelsen af de "ti artikler" i 1536 og senere de "seks artikler" i 1539, som definerede den engelske kirkes teologiske og liturgiske praksis. Mens Church of England stadig opretholdt mange katolske traditioner og ritualer, omfavnede den visse protestantiske principper, såsom læsning af Bibelen på engelsk og vægten på retfærdiggørelse ved tro.
Under Henrys regeringstid var England vidne til betydelige religiøse ændringer. Klostre og religiøse huse blev opløst, og deres jorder og rigdomme blev konfiskeret af kronen. Kritikere og modstandere af Henrys religiøse politik stod over for forfølgelse, herunder Thomas More og John Fisher, som blev henrettet for deres afvisning af at anerkende kongens overherredømme over kirken.
Derudover havde Henrys religiøse politik en dyb indvirkning på politiske, økonomiske og sociale strukturer i England. Opløsningen af klostre resulterede for eksempel i omfordeling af jord og rigdom, hvilket ændrede magtdynamikken mellem forskellige samfundsgrupper.
Gennem hele sit liv oplevede kong Henry VIII adskillige skift i sin religiøse overbevisning og praksis. Mens han aldrig fuldt ud overtog de mere radikale protestantiske doktriner, flyttede han den engelske kirke væk fra katolicismen og hen imod en mere moderat protestantisk holdning. Hans handlinger lagde i sidste ende grundlaget for den anglikanske kirke, som fortsat er den officielle kirke i England i dag.