Et af de mest åbenlyse træk ved stykket, der rejser spørgsmål om religiøs tolerance, er skildringen af Shylock, den jødiske pengeudlåner. Shylock er skildret som en grusom og grådig mand, der er besat af penge og søger hævn mod Antonio, en kristen købmand, der har forurettet ham. Han legemliggør mange af de negative stereotyper, der var fremherskende om jøder på Shakespeares tid, og hans karakter er ofte blevet fortolket som antisemitisk.
På den anden side er der momenter i stykket, der udfordrer disse stereotyper og problematiserer tanken om religiøse fordomme. For eksempel kæmper Antonio selv med sine egne fordomme mod jøder, og hans behandling af Shylock viser en blanding af både foragt og sympati. Portia, stykkets heltinde, argumenterer for vigtigheden af barmhjertighed og tilgivelse, og hun overtaler til sidst Shylock til at vise nåde mod Antonio. Denne scene er blevet læst af mange kritikere som en opfordring til tolerance og forståelse.
Et andet perspektiv på stykkets holdning til religiøs tolerance er, at det blot afspejler de sociale og kulturelle realiteter på Shakespeares tid. Antisemitisme var dybt forankret i det kristne samfund i Europa, og det ville have været svært for Shakespeare at præsentere et mere tolerant syn uden at risikere censur eller fremmedgørelse af sit publikum. Stykket kunne således ses som et produkt af sin tid frem for en afspejling af Shakespeares egen overbevisning.
Overordnet set er The Merchant of Venice et komplekst og nuanceret skuespil, der tilbyder flere perspektiver på religiøs tolerance og fordomme. Selvom det indeholder nogle antisemitiske elementer, præsenterer det også øjeblikke af medfølelse og forståelse, der komplicerer vores læsning af stykkets budskab. I sidste ende inviterer stykket publikum til at overveje kompleksiteten af religiøs forskel og til kritisk at undersøge deres egne fordomme.