Constitutions of Clarendon: Henry II udstedte et sæt love kendt som Clarendons forfatninger i 1164. Disse love søgte at begrænse kirkens magt og privilegier i England, især med hensyn til udnævnelsen af biskopper og jurisdiktionen over gejstlige anklaget for forbrydelser. Becket, som ærkebiskop af Canterbury, modsatte sig forfatningerne som en krænkelse af kirkens autonomi.
kirkelig immunitet: Henrik II ønskede at hævde sin kontrol over gejstligheden og bringe dem under de kongelige domstoles jurisdiktion. Becket mente derimod, at gejstligheden kun skulle være underlagt kirkelige domstole og argumenterede for kirkens ret til at styre sine egne anliggender.
Udnævnelse af biskopper: Henrik II ønskede at have indflydelse på udnævnelsen af biskopper og sikre, at de var loyale over for ham og støttede hans politik. Becket insisterede på, at udvælgelsen af biskopper udelukkende skulle være baseret på religiøse fortjenester uden kongelig indblanding.
Konflikt om jurisdiktion: Konflikten eskalerede, da en kontorist ved navn Philip de Brois blev anklaget for en forbrydelse og blev hævdet af både de kongelige domstole og den kirkelige domstol. Becket nægtede at overgive sekretæren til de kongelige domstole, idet han hævdede, at det krænkede kirkens jurisdiktion.
Uenigheden mellem Henry II og Becket symboliserede en bredere kamp mellem monarkiet og kirken om kontrol og autoritet. Konflikten kulminerede med mordet på Thomas Becket i Canterbury Cathedral i 1170 af riddere loyale over for Henrik II. Mordet på Becket førte til et betydeligt tilbageslag og resulterede til sidst i, at Henrik II gav indrømmelser og bekræftede kirkens privilegier og uafhængighed.