- Hans eksperimentelle metoder var ikke altid strenge. Han stolede nogle gange på anekdotiske beviser og kontrollerede ikke altid for variabler. Dette førte til, at nogle af hans konklusioner var forkerte.
- Han var nogle gange for hurtig til at generalisere ud fra sine eksperimenter. Han ville ofte komme med fejende udtalelser baseret på et begrænset antal observationer. Dette førte til, at nogle af hans teorier blev forsimplet.
- Han var ikke altid åben over for nye ideer. Han var nogle gange modstandsdygtig over for nye teorier, der modsige hans egne. Dette forhindrede ham i at gøre nogle vigtige opdagelser.
På trods af disse svagheder var Robert Boyle en strålende videnskabsmand, der ydede betydelige bidrag til videnskaben. Hans arbejde var med til at lægge grundlaget for moderne kemi og fysik.