- Moral og nytte (1891):I denne bog argumenterer Thomson for, at moral er baseret på nytte eller princippet om at maksimere lykke og minimere smerte. Han forsvarer denne holdning mod forskellige kritikpunkter, herunder anklagen om, at den fører til egoisme, og at den ikke kan redegøre for den moralske betydning af visse handlinger.
- The utilitarian Theory of Law (1893):I dette værk anvender Thomson princippet om nytte til retsfilosofien. Han argumenterer for, at loven bør udformes til at fremme den største lykke for det største antal mennesker, og at dette princip bør bruges til at fortolke og vurdere juridiske regler og beslutninger.
- Politisk etik (1895):I denne bog diskuterer Thomson politiske institutioners etiske grundlag. Han argumenterer for, at staten er retfærdiggjort som et middel til at fremme menneskers velvære, og at den bedste styreform er den, der mest effektivt opnår dette mål.
- Ondskabens problem (1910):I dette værk adresserer Thomson spørgsmålet om, hvorfor der er ondskab i verden, hvis Gud eksisterer. Han argumenterer for, at ondskab ikke er i strid med eksistensen af en godgørende Gud, og at det kan forklares med princippet om fri vilje og menneskers begrænsede natur.
- Ancient Filosofis historie (1921):Denne bog giver et omfattende overblik over filosofiens historie fra de gamle grækere til middelalderen. Thomson diskuterer de store filosoffer og filosofiske bevægelser i denne periode og analyserer deres bidrag til filosofien.
Dette er blot nogle få af værkerne skrevet af Francis Paul Thompson. Han var en produktiv forfatter, og hans værker har haft en betydelig indflydelse på udviklingen af moralsk og politisk filosofi.