Marty opdager Shiloh bundet til et træ, tydeligt forsømt og mishandlet, og udvikler et stærkt bånd til dyret. Shiloh tilhører dog Judd Travers, en grusom og voldelig ejer, som i første omgang nægter at sælge hunden til Marty. Martys ønske om at redde Shiloh fra dens voldelige omstændigheder fører ham i konflikt med Judd og hans søn, som truer og intimiderer Marty for at forhindre ham i at blande sig.
Konflikten intensiveres, da Marty beslutter sig for at tage Shiloh med hjem og skjule ham, og trodser Judds ordrer. Mens Judd ubønhørligt forfølger Shilohs tilbagevenden, står Marty over for stigende pres og moralske dilemmaer. Martys venskab med sin klassekammerat Dara Lynn hjælper ham med at passe Shiloh og skjule, hvor hunden befinder sig, men Marty kæmper også med frygten for at blive fanget af Judd og de konsekvenser, der kan følge.
Den centrale konflikt i "Shiloh" drejer sig om sammenstødet mellem Martys medfølende natur og Judds ufølsomme ignorering af dyrevelfærd. Det rejser vigtige spørgsmål om den etiske behandling af dyr, arten af ejerskab, og hvor langt man bør gå for at beskytte et uskyldigt væsen mod skade. Historien udforsker temaer om mod, loyalitet og de bånd, der dannes mellem mennesker og dyr, alt sammen vævet inden for rammerne af et lille bysamfund og kampen for retfærdighed.