Ved skjult deltagerobservation observerer forskeren forsøgspersonerne uden deres viden eller samtykke. Dette i modsætning til åbenlys deltagerobservation, hvor forskerens tilstedeværelse og rolle er kendt af forsøgspersonerne.
Hemmelig deltagerobservation er kontroversiel, fordi den rejser etiske spørgsmål om privatliv, samtykke og bedrag. Nogle forskere hævder, at skjult deltagerobservation er nødvendig for at opnå data, der ikke ville være tilgængelige via andre metoder, mens andre hævder, at det er en krænkelse af privatlivets fred og kan være skadeligt for forsøgspersonerne.