Den abstrakte konflikt i historien ligger i Browns interne kamp for at bevare sin tro over for den ondskab og korruption, han er vidne til i skoven. Han møder figurer som djævelen, der repræsenterer fristelse og synd, såvel som andre skyggefulde og mystiske karakterer, der symboliserer de mørkere sider af den menneskelige natur. Som historien skrider frem, bliver Brown mere og mere konfliktfyldt og forvirret og sætter spørgsmålstegn ved sin egen retfærdighed og eksistensen af absolut godt og ondt.
Denne interne konflikt manifesterer sig gennem forskellige møder og møder Browns oplevelser under sin rejse, der hver især bidrager til hans voksende angst og tvivl. Han må konfrontere muligheden for, at han er i stand til det onde, og at grænsen mellem godt og ondt ikke er så klar, som han tidligere havde troet.
I sidste ende handler den abstrakte konflikt i "Young Goodman Brown" om hovedpersonens udforskning af de mørkere sider af den menneskelige natur, grænserne for hans egen moral og kampen for at bevare troen i lyset af tvivl og fristelser.