Whitman-massakren var en kompleks og tragisk begivenhed. Nogle beretninger tyder på, at Whitman'erne blev dræbt som gengældelse for en mæslingeepidemi, der var skyllet igennem Cayuse-stammen, og som mange troede blev spredt bevidst af missionærerne. Andre antyder, at massakren var motiveret af Cayuse's vrede over det voksende antal bosættere, der ankom til deres territorium.
Uanset årsagen markerede massakren et vendepunkt i det amerikanske vestens historie, og det er stadig et kontroversielt og følelsesladet emne den dag i dag.