Her er, hvad vi ved om hans musikalske produktion:
* Han var primært kirkemusiker. Det er sandsynligvis grunden til, at de fleste af hans kompositioner var beregnet til religiøse tjenester, såsom kantater, motetter og orgelværker.
* Han menes at have skrevet adskillige kantater og koraler. Desværre er ingen af disse bevaret.
* Han skrev også et par tastaturstykker. Nogle af disse eksisterer stadig, herunder "Allein Gott in der Höh sei Ehr" og "Christ lag in Todesbanden", som betragtes som tidlige eksempler på barok orgelmusik.
Det er afgørende at huske, at vores viden om Johann Christoph Bachs arbejde er meget begrænset på grund af manglen på overlevende manuskripter. Derfor er det umuligt at give en omfattende liste over hans kompositioner.
De efterladte værker giver dog et værdifuldt indblik i det musikalske miljø, hvori Johann Sebastian Bach voksede op og blev påvirket.