Mens både Zwingli og Martin Luther var nøglefigurer i den protestantiske reformation, var deres teologiske ideer forskellige på nogle afgørende måder:
Ligheder:
* afvisning af pavelig autoritet: Begge afviste paven og det katolske kirkehierarki autoritet.
* Vægter på Skriften: Begge mente, at Bibelen var den ultimative kilde til religiøs autoritet.
* frelse ved nåde: Begge mente, at frelse er en gave fra Gud, modtaget gennem tro på Jesus Kristus, ikke gennem gode gerninger.
Forskelle:
* eukaristien: Dette var den mest betydningsfulde forskel. Luther troede på den virkelige tilstedeværelse af Kristus I eukaristien, hvilket betyder, at brødet og vinen faktisk bliver Kristi krop og blod under nattverd. Zwingli troede på en symbolsk tilstedeværelse , at se eukaristien som en erindring af Kristi offer og et symbol på hans tilstedeværelse.
* Traditionens rolle: Luther var mere åben for visse katolske traditioner, der ikke modsatte Skriften, mens Zwingli var mere radikal i sin afvisning af traditionen og så det som en menneskelig opfindelse.
* Politisk indvirkning: Luther var mere forsigtig i sine politiske synspunkter, mens Zwingli var mere radikal og involveret i schweiziske politiske reformer.
* Kirkestruktur: Zwingli gik ind for en enklere kirkestruktur med mindre hierarki, mens Luther troede på en mere centraliseret struktur med ordineret præster.
Kortfattet:
* Luther: Real tilstedeværelse i eukaristien, mere forsigtig politisk, mere acceptabel af tradition, centraliseret kirkestruktur.
* zwingli: Symbolsk tilstedeværelse i eukaristien, mere radikal politisk, mindre accepterende tradition, enklere kirkestruktur.
Disse forskelle førte til betydelige tvister mellem lutherske og zwinglianere, hvilket i sidste ende bidrog til divisionen inden for den protestantiske bevægelse.