Den nøjagtige årsag til hans død er ukendt, men det antages at have været et hjerteanfald På grund af de hårde forhold var han vedvarende. Han blev fundet død i nærheden af sit telt, og hans krop blev begravet under en sneklædning.
Det er vigtigt at bemærke, at Wegeners teori om kontinental drift, som han foreslog i 1912, ikke blev bredt accepteret i løbet af hans levetid. Han døde en relativt ukendt videnskabsmand, men hans banebrydende teori blev til sidst bevist korrekt, og han betragtes nu som en af de vigtigste figurer i geologiens historie.