Séguy blev født i Toulon, Frankrig, den 1. juli 1877. Han viste en passion for naturhistorie i en ung alder og begyndte at samle insekter i en alder af 12. Han studerede medicin ved universitetet i Montpellier og dimitterede i 1902.
Séguy begyndte sin karriere som militærlæge, men han helligede sig snart entomologi. Han arbejdede ved Muséum national d'histoire naturelle i Paris fra 1906 til sin pensionering i 1942. Under sin tid på museet kurerede han Diptera-samlingen og udgav talrige videnskabelige artikler og bøger om emnet.
Séguys hovedforskningsområde var familien Muscidae, og han blev en verdensekspert på denne gruppe. Han beskrev over 1.000 nye arter af Muscidae og udgav flere monografier og kataloger om familien. Han arbejdede også på andre familier af Diptera, herunder Tephritidae, Conopidae og Cecidomyiidae.
Udover sit videnskabelige arbejde var Séguy også et aktivt medlem af flere videnskabelige selskaber, herunder Société entomologique de France og Royal Entomological Society of London. Han blev tildelt Linnean Medal of the Linnean Society of London i 1939 og Prix Constant fra Académie des sciences i Paris i 1949.
Séguy døde i Paris den 23. oktober 1951, i en alder af 74. Han var en produktiv entomolog, der ydede betydelige bidrag til studiet af Diptera, og hans arbejde citeres stadig meget af videnskabsmænd i dag.