Her er et sammendrag af historien:
Percys verden bliver vendt på hovedet, da han finder ud af, at han er en halvgud. Han har altid kæmpet i skolen, med indlæringsvanskeligheder og at blive mobbet. Hans liv tager en dramatisk drejning, da hans præ-algebra-lærer bliver til et monster, hans bedste ven forsvinder, og han er anklaget for at stjæle Zeus' lyn, en kraftfuld artefakt, der kan starte en krig mellem guderne.
Percy er ført væk til Camp Half-Blood, en hemmelig træningslejr for halvguder. Her lærer han at kontrollere sine kræfter og møder andre halvguder, der er opvokset i dødelige miljøer. Han lærer om de gamle græske guder og gudinder og om sin egen arv.
Percy skal sammen med sine venner Annabeth Chase (datter af Athena, visdommens gudinde) og Grover Underwood (en satyr, der er Percys beskytter), påbegynde en mission for at rense Percys navn og finde det stjålne lyn. Denne farefulde rejse tager dem til underverdenen, hvor de står over for mytiske væsner og farlige udfordringer.
Bogen kulminerer i en konfrontation med den sande skurk bag tyveriet. Dette fører til en kamp, der tester Percys evner og i sidste ende afgør skæbnen for både den dødelige og den guddommelige verden.
Percy Jackson og Lyntyven er en historie om selvopdagelse, venskab og det at møde sin skæbne i øjnene. Det er et spændende eventyr, der blander græsk mytologi med moderne omgivelser og skaber en unik og engagerende verden for unge læsere.