Efter Alisons forsvinden et år tidligere, begynder Pretty Little Liars at modtage anonyme beskeder fra en ved navn "A", som truer med at afsløre deres mørkeste hemmeligheder. Da pigerne forsøger at finde ud af, hvem der står bag disse beskeder, begynder de at afdække sandheder, der længe er begravet, og står over for farer, der truer deres liv. De skal arbejde sammen for at opklare mysteriet om Alisons forsvinden og afsløre identiteten af "A", før det er for sent.
I løbet af showet dykker løgnerne dybere ned i de komplekse hemmeligheder og drama i deres eget liv og deres forhold til deres respektive kærlighedsinteresser, venner og familiemedlemmer. Gennem drejninger, drejninger og uventede alliancer væver "Pretty Little Liars" et spændende net af mystik, spænding og venskab, mens pigerne konfronterer deres fortid, omfavner deres styrker og konfronterer de kræfter, der har hjemsøgt dem fra begyndelsen.