Efter at have følt et indre kald beslutter Gabrielle at gå ind i et kloster og blive nonne, til sin families store overraskelse. Hun bliver sendt til Belgisk Congo som missionær, hvor hun møder forskellige strabadser og kulturelle forskelle. Gabrielle kæmper også med sine personlige tvivl og spørgsmål om sin valgte vej, især når hun møder de barske realiteter i livet i Congo.
Da hun fordyber sig i sit arbejde som nonne og sygeplejerske i samfundet, bliver Gabrielles tro sat på prøve. Hun er vidne til fattigdom, sygdom og lidelse, som udfordrer hendes tro og tvinger hende til at konfrontere sine egne begrænsninger. Filmen udforsker temaer om kald, opofrelse og kompleksiteten i at balancere personlige ønsker med religiøs hengivenhed.
Gennem hele sin rejse danner Gabrielle et tæt bånd med Dr. Fortunati (Peter Finch), en læge, der arbejder i samme mission og deler sin medfølelse med de mennesker, de tjener. Deres forhold fremhæver også de kampe og ofre, der følger med at dedikere sig til et religiøst liv, såvel som de interne konflikter mellem tro og menneskelige ønsker.
"Nonnens historie" er en gribende og introspektiv film, der dykker ned i en kvindes liv, der kæmper med sin tro, sin plads i verden og de personlige ofre, der kræves for at følge sin valgte vej. Audrey Hepburns portrættering af Gabrielle Van der Mal betragtes som en af hendes mest mindeværdige præstationer, der viser hendes rækkevidde og dybde som skuespillerinde. Filmen forbliver en klassisk udforskning af tro, tvivl og kompleksiteten i den menneskelige natur sat på baggrund af et udfordrende og transformerende miljø.