I 1989 gik Christian Brando ind i en domstol i Los Angeles for at blive anklaget for mord. Han blev retsforfulgt og dømt for at have slået Dag Drollet ihjel i 1990 og blev idømt 10 års fængsel. Drollet var kæresten til Brandos halvsøster Cheyenne.
Efter morddommen fortsatte Brandos liv med at spiral ned i stofmisbrug og selvdestruktion. Han forblev fængslet indtil 1996, hvor han blev løsladt tidligt efter at have afsonet mindre end halvdelen af en 10-årig fængsel.
I januar 2005 blev Brando arresteret igen, denne gang for angiveligt at have stjålet smykker for 2 millioner dollars fra sin egen mor. Anklagerne mod ham blev senere afvist.
I slutningen af 2006 blev Christian Brando indlagt på hospitalet efter at have fået en lungeinfektion. Han blev efterfølgende diagnosticeret med lungebetændelse og overført til UCLA Medical Center i Los Angeles, Californien.
Christian Brando døde den 26. januar 2008 på UCLA Medical Center i en alder af 49. Dødsårsagen var lungebetændelse og komplikationer fra leversvigt.
Brandos død i en alder af 49 markerede en trist og tragisk afslutning på et liv, der kunne have været fyldt med så meget løfte og potentiale. I stedet var det et liv tragisk afskåret af afhængighed og vold.