Gennem hele romanen begiver Jim og hans venner, inklusive Dr. Livesey og Squire Trelawney, ud på en farefuld rejse for at finde skatten foran Silvers besætning. Konflikten intensiveres, da de står over for forskellige forhindringer, herunder storme, forræderisk terræn og konfrontationer med piraterne. Det ultimative sammenstød opstår, når piraterne gør mytteri og forsøger at overtage kontrollen over skibet, hvilket fører til et klimaks slag mellem Jim og hans allierede mod Silver og hans mænd.
I sin kerne er konflikten i "Skatteøen" drevet af jagten på rigdom og grådighed, samt kampen om magt og kontrol. Karakterernes motivationer og ønsker sætter dem i modstrid med hinanden, hvilket skaber spænding og spænding, efterhånden som historien udfolder sig. Derudover fremhæver konflikten temaet godt versus ondskab, da Jim og hans venner repræsenterer ærlighed og loyalitet, mens Silver og hans besætning legemliggør bedrag og forræderi.